В Cygwin я использовал
java -jar "`cygpath -m "$HOME/.conscript/sbt-launch.jar"`" "@file:///C:/Users/cvanvranken/.conscript/n8han/conscript/cs/launchconfig" "$@"
Полагаю, вы сможете заставить свою работать с чем-то похожим, возможно, так:
java -jar /home/salil.wadnerkar/.conscript/sbt-launch.jar "@file:///C:/Users/salil.wadnerkar/.conscript/n8han/conscript/cs/launchconfig" "$@"
или
java -jar /home/salil.wadnerkar/.conscript/sbt-launch.jar "@file:///C:/MinGW/msys/1.0/home/salil.wadnerkar/.conscript/n8han/conscript/cs/launchconfig" "$@"
в случае неудачи вам все равно обязательно нужно использовать файл: // protocol.
Также обратите внимание на три каталога, которые он ищет в сообщении об ошибке
file:/C:/MinGW/msys/1.0/home/salil.wadnerkar/
file:/C:/Users/salil.wadnerkar/
file:/C:/MinGW/msys/1.0/home/salil.wadnerkar/.conscript/
независимо от того, что вы указали в параметре launchconfig, если он не распознан, поиск по этим каталогам осуществляется по умолчанию. Таким образом, вы можете иметь бред в своем параметре и все еще видеть ту же самую ошибку, которую вы получаете сейчас.