изменение DOM - главная особенность JQM.Вы должны нанести тяжелый урон.
Получить репозиторий из git, удалить все плагины из манифеста, получить код, найти метод / виджет .page и удалить весь код (или оставить некоторые биты, если вынужно, чтобы что-то заработало - я не пробовал).
Затем запустите make, и он создаст для вас раздетый jquery.mobile.min.js