В отличие от предыдущих версий, в VS2015 решение с ключом реестра, кажется, работает в тех случаях, когда нам нужно!
Я только что пошел на
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\VisualStudio\14.0\TeamFoundation\SourceControl\Behavior
и изменено ResolveAsDefaultCheckinAction
с True
на False
.