У меня есть j2ee-webapp, который может быть расширен различными модулями (плагинами).Эти модули содержат jsp, а также .class и файлы ресурсов.
Как лучше всего упаковать такой модуль?
Посмотрите на военные наложения: http://maven.apache.org/plugins/maven-war-plugin/overlays.html