Возможно, вы захотите посмотреть, как реализовать типовые шаблоны веб-приложений в J2EE (см., Например, План Sun , описывающий проекты веб-приложений). В зависимости от сложности вашего приложения, примите решение, какой шаблон использовать. Вы также можете использовать некоторые из существующих платформ MVC, построенных на J2EE (хотя я бы не советовал это новичку).
Хорошим началом будет построение классов моделей на основе ваших XML (существует множество способов обработки XML в Java, см., Например, JAXP ). Когда модель готова, вы можете начать использовать ее в своих JSP (реализуя представление и контроллер в соответствии с выбранным вами шаблоном).