Вместо того, чтобы пытаться строить с использованием MSBUILD (допущение), соберите решение или проект с помощью DEVENV.EXE. Командная строка - это что-то вроде:
DEVENV MySolutionFile.sln / build DEBUG / проект SetupProject.vdproj
Вы можете изменить DEBUG на RELEASE или любую другую конфигурацию сборки, которую вы настроили. Вы также можете пропустить часть / project ..., чтобы создать полное решение.