Используйте nwalign () с любым типом последовательности

Question

Мне требуется функция приблизительного соответствия строк для Matlab. Я обнаружил, что в наборе инструментов Биоинформатика есть алгоритм Needleman – Wunsch , вызвав nwalign (). Единственная проблема заключается в том, что он работает только с аминокислотными последовательностями. Поэтому, когда я пытаюсь сравнить строки с числами и другими символами, я получаю сообщение об ошибке: «Обе последовательности должны быть аминокислотами».

Есть ли способ позволить функции nwalign () принимать любую последовательность типов или есть другая функция matlab, которая может выполнять приблизительное сопоставление строк, не ограниченное биоинформатикой?

Answer 1

Это обсуждалось в этой теме

В ней объясняется, как использовать недокументированную функцию для выполнения выравнивания с символами, отличными от аминокислот или нуклеотидов.

Answer 2

Посмотрите на python's nwalign().

http://pypi.python.org/pypi/nwalign

Кажется, что в качестве аргументов используются строки (но пока не обращаемся к источнику), поэтому, если у вас есть непоследовательные последовательности или списки, вам может потребоваться преобразовать их.