Eclipse zipalign APKs при экспорте их по умолчанию.
zipalign - это инструмент, доступный в каталоге инструментов вашего Android SDK.
В случае, если вы не используете eclipse для сборки, вы можете использовать этот инструмент непосредственно для zipalign вашего apk.
zipalign [-f] [-v] <alignment> infile.apk outfile.apk
Выравнивание - это целое число, которое определяет границы выравнивания байтов. Это всегда должно быть 4 (что обеспечивает 32-битное выравнивание), иначе оно фактически ничего не делает.
Для более подробной информации, проверьте эту ссылку
http://developer.android.com/tools/help/zipalign.html