Это означает, что столбец file_author не существует в таблице phcdl_files. Вы, вероятно, хотите
$kernel->db->query( "UPDATE " . TABLE_PREFIX . "users SET total_downs = total_downs + 1 WHERE file_author = " . $file['file_author'] );
РЕДАКТИРОВАТЬ: см. Комментарий Байрона Уитлока выше. Обычно вы не хотите вставлять переменную непосредственно в строку запроса SQL.