Eclipse организован как рабочее пространство, содержащее проекты. Рабочая область имеет папку .metadata, которая содержит информацию, локальную для этой рабочей области (индексы для поиска, настройки рабочей области и т. Д.). Метаданные никогда не регистрируются в вашем SCM (по крайней мере, так не должно быть).
Каждый проект должен иметь файл .project, в котором eclipse хранит информацию о проекте, какой это проект (java, php и т. Д.). Затем каждый плагин, который заботится об этом проекте, сохраняет собственную информацию в проекте (Java создает .classpath, PHP должен создавать .buildpath и т. Д.). При работе с проектами Eclipse в SCM они обычно регистрируются.
Если вы удалите их, то, если вы когда-нибудь вернетесь к использованию eclipse в этом проекте, вам придется воссоздать их. Но это может быть хорошо в зависимости от вашего варианта использования.
Другой способ сделать это - создать рабочее место и проект на локальном диске в удобном месте. Затем создайте папку и используйте кнопку «Дополнительно», чтобы указать на исходное дерево где-то еще на диске. Таким образом, .project и другие файлы не будут в вашем исходном дереве.