В зависимости от вашей способности изменять структуру данных таблицы, я бы предложил добавить в вашу таблицу поле, которое может содержать какой-то идентификатор партии. То есть. это может быть отметка даты, если вы делаете это ежедневно, добавочное значение или, в основном, любое значение, которое вы можете сделать уникальным для вашей партии. Если вы используете инкрементальный подход, ваше обновление будет:
UPDATE TOP (100000) XXX SET XXX.BATCHID = 1, XXX.YYY = ....
...
WHERE XXX.BATCHID < 1
AND (rest of WHERE-clause here).
В следующий раз вы установите BATCHID = 2 и WHERE XXX.BATCHID < 2
Если это необходимо сделать несколько раз, вы можете установить индекс для BATCHID и уменьшить нагрузку на сервер.