Нет, Tomcat - это контейнер сервлетов, а не полный сервер Java EE, у него нет встроенной поддержки EJB.
Существует широкий выбор открытых / бесплатных полных серверов Java EE, посмотрите Glassfish , JBoss , Geronimo или Jonas, И я, наверное, забыл еще несколько.