Если вы используете ExternalInterface, проблема может быть связана с тем, как вы пытаетесь ссылаться на объект в JavaScript. Посмотрите на мой ответ на этот вопрос - это может быть не совсем та же проблема, но в моем ответе приведен сквозной пример ExternalInterface, который также был протестирован в IE, так что вы можете хотите сравнить его со своим, чтобы увидеть, что-то отсутствует или неуместно.
Если это не поможет, попробуйте опубликовать некоторый код, чтобы мы могли посмотреть, что происходит, и, возможно, диагностировать проблему более конкретно.