Проверьте, есть ли у вас другие log4j.properties файлы в вашем classpath. Проблема с log4j заключается в том, что будет фактически использоваться только последний log4j.properties, который он читает из пути к классам. Так что, если у вас есть другие log4j.properties файлы в пути к классам, то один из них может быть выбран. Попробуйте объединить все эти log4j.properties файлы, и это должно работать.
Также, если возможно, опубликуйте содержимое файлов log4j.properties. Там тоже может быть проблема.