Вы сохраняете обученный классификатор с опцией -d (дамп), например:
java weka.classifiers.trees.J48 -t /some/where/train.arff -d /other/place/j48.model
И вы можете загрузить его с -l и использовать его в тестовом наборе, например:
java weka.classifiers.trees.J48 -l /other/place/j48.model -T /some/where/test.arff