Если вы имеете в виду файлы содержимого (например, звук или изображения), то я не могу придумать причину, по которой это может вызвать проблемы с производительностью.
С точки зрения кода, он не будет иметь проблем с производительностью, поскольку код компилируется в DLL и не имеет понятия структуры папок.