У меня сложилось впечатление, что большинство процессоров схемы могут обрабатывать циклические включения: они никогда не нужны, но они должны быть безвредными. (Однако в этом вопросе спецификация далеко не ясна.)
Поскольку вы используете какое-либо средство resourceResolver, возможно, процессор схемы не распознает, что URI включения указывает на документ, который он уже видел.
С другой стороны, использование resourceResolver может быть способом устранения округлостей, не возвращая ничего (или пустую схему xs:), когда документ схемы посещается во второй и последующий раз.
Вы на самом деле не говорите, какой процессор схемы вы используете: есть по крайней мере два процессора, которые реализуют API JAXP, который вы используете здесь - больше, чем если вы посчитаете разные форки Xerces.