Лучшее, что я мог придумать, это использовать python-wnck для получения имени окна, затем скопировать в буфер с помощью gnome-clipboard и затем вызвать подпроцесс для xdotool с командой и именем окна.
paste_cmd = 'ctrl+v'
xdo_cmd = 'xdotool search "%s" windowactivate --sync key --clearmodifiers %s'
Вроде бы работает, но что-то родное было бы лучше.