Включаете ли вы DLL в плагин eclipse / OSGi? Если это так, вы можете использовать Bundle-NativeCode
в вашем файле MANIFEST.MF для управления спецификацией ваших DLL (или других встроенных программ ОС).
Bundle-NativeCode: lib/both.dll; osname=win32; processor=x86,
lib/xp.dll; osname=winxp; processor=x86, lib/vista.dll;
osname=winvista; processor=x86, lib/libmylib1.so ; lib/libmylib2.so;
osname=linux; processor=x86
Поиск по Bundle-NativeCode
даст несколько примеров.