Javascript полностью независим от любой серверной среды или языка, таких как Java.
Если вы хотите показать или скрыть элемент HTML на странице, попробуйте следующий код JS:
document.getElementById("id").style.display = 'none';
И затем, когда вы генерируете электронное письмо в формате HTML с использованием Java, включите запросы, которые вы хотите скрыть, в <div>
с указанным идентификатором.