Это может быть очень глупый вопрос, но добавили ли вы новые счетчики в список счетчиков, которые регистрируются диагностикой, и сконфигурировали ли вы эти счетчики для «отправки» в хранилище?
Использование коллекции PerformanceCounters DiagnosticsMonitorConfiguration?
Если у вас нет, и у вас есть какие-либо вопросы о том, как это настроить, дайте мне знать.