Файловая система NT не удаляет файл, когда вы думаете, что это делает. Когда вы удаляете файл в файловой системе NT, операционная система просто отмечает дисковое пространство, занимаемое этим файлом, как доступное. Файл не будет действительно удален, пока другой файл не будет записан в это место на диске.
Относительно того, почему Windows считает, что это тот же самый файл, я полагаю, это связано с тем, что файл был пустым, когда вы его удалили, поэтому создается новый файл в том же месте с тем же именем и тем же ) содержимое заставляет Windows думать, что это фактически один и тот же файл. Я бы посчитал это ошибкой.
В качестве примечания, тот факт, что Windows обрабатывает удаление файлов таким способом, является той самой причиной, по которой вы можете использовать утилиты восстановления файлов для восстановления удаленных файлов.