Это может быть проблема внешнего вида.Кажется, я вспоминаю, что построитель графического интерфейса Netbeans использует внешний вид вашей системы.Однако по умолчанию ваше приложение, вероятно, будет использовать Swing LAF (имя которого я забыл только сейчас).Это означает, что при запуске приложения вы не увидите тот же LAF, который вы видите в GUI Builder.Цвета, используемые двумя LAF, немного отличаются.
См. на этой странице справки Java , где описаны некоторые варианты настройки внешнего вида.Тем не менее, поскольку в любом случае создается впечатление, что вы собираетесь создать собственный внешний вид, возможно, лучше установить все цвета в явном виде.