Я бы поместил нужные мне файлы в систему контроля версий, но сначала зашифровал их. Затем я бы установил в сборке параметр, который представлял собой фразу-пароль или ключ, необходимый для расшифровки файлов. Сборка будет расшифровывать файлы, делать с ними все, что необходимо для подписи или публикации, а затем удалять их (стереть их, если система позволяет это). Этого должно быть достаточно для обеспечения безопасности, если город-команда не будет скомпрометирован, и если это так, то вы все равно в основном потонули.
В зависимости от используемых вами инструментов контроля версий, возможно, файлы будут видны только определенным аутентифицированным пользователям. Perforce, безусловно, обладает такой возможностью, но я никогда не видел ничего для более популярных систем DVCS.