Не уверен, что это именно то, что вы имеете в виду, но поскольку MySQL 5.0 поддерживает BDB, вы должны иметь возможность:
ALTER TABLE table_name ENGINE = DBD;
Убедитесь, что сделали резервную копию своих данных, прежде чем пытаться это сделать..
Кроме того, я не верю, что mysqld по умолчанию запускается с включенной BDB, чтобы включить ее, нужно запустить mysqld с mysqld-max