svcutil.exe нельзя использовать со службами данных WCF (OData), вместо этого используется файл datasvcutil.exe.
Добавление справочника услуг для OData не должно генерировать что-либо в вашем app.config, так как оно ему не нужно. Чтобы использовать его, вы просто создаете новый сгенерированный класс контекста и передаете URI службы.
Если для вашей конечной точки OData требуется аутентификация, Add Add Service Reference не поддерживает ее, поэтому я удивлен, что она работает для вас.