Вы можете скрыть это так:
start javaw -jar example.jar
Или, если вы звоните изнутри другого проекта, вы можете позвонить так:
try {
Process p = Runtime.getRuntime().exec("cmd /c start /B example.bat");
p.waitFor();
} catch (InterruptedException ex) {
Logger.getLogger(OpenFileFromCmd.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
} catch (IOException ex) {
Logger.getLogger(OpenFileFromCmd.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}
Если у вас есть какие-либо вопросы, просто спросите меня:))