Если я дико не понял вашего вопроса, Visual Studio хранит два набора позиций окна: один для разработки и другой для работы. После запуска вы можете расположить окна так, как вам нравится, и они должны оставаться в этом положении при последующих отладках.
Например, в моей IDE у меня во время разработки есть окна Список ошибок, Вывод, Результаты поиска 1 и Ожидающие изменения внизу. Когда я запускаю отладчик, он меняется на «Вывод», «Локальные данные», «Наблюдение 1», «Поиск результатов 1», «Точки останова», «Стек вызовов», «Немедленное» и «Командное окно».