Да, вы делаете - извините. Вполне возможно, что слияние вызовет конфликты, которые вам нужно будет отредактировать и разрешить вручную (плюс я чувствую, что код diff / merge есть только в клиенте svn, а не на сервере - хотя на 100% в этом не уверен) , Так что вам нужно проверить и сделать слияние локально:
svn co "$SVN_ROOT/trunk"
cd trunk
svn merge "$SVN_ROOT/branches/foo"
svn commit
и т.д.