Git в конечном итоге упакует все в сжатые дельта-архивы в ходе обычного внутреннего обслуживания, после чего это больше не проблема.
Хотя сегодня это не проблема. Философия Git заключается в том, что дисковое пространство дешевое, и его лучше оптимизировать по скорости, а не по эффективности хранения. Скорее всего, вам будет лучше обслуживать SCM, который в два раза быстрее, чем тот, который требует половину дискового пространства.
См. Главу Git Book по Packfile , а также git repack и git-pack-objects .