Вы можете использовать абсолютный путь, включая путь к продукту.
Или вы можете использовать настройку конфигурации, запустив вашу программу как
java -DXY_HOME=/some/path/product ...
Из javacode, вы используете его:
String xyHome = System.getProperty ("XY_HOME")
Или вы используете видofififile в вашем домашнем каталоге, где вы указываете, где искать conf-каталог.
Перечитывая ваш вопрос несколько раз, мне неясно, какова ваша цель.Чтобы найти Conf Dir независимо от того, где вы находитесь (Eclipse, Crontab, ...)?Но заголовок запрашивает CWD, а наоборот - каталог, в зависимости от того, где вы находитесь.
Возможно и то и другое, но вы должны решить, чего хотите.