Прежде всего, обязательно посмотрите на Ninject.Extensions.Wcf, включая примеры и тот факт, что вы добавили пользовательскую фабрику в файл .svc
.
Тогда просто выполните Bind<>().To<>().InXyzScope().WithConstructrorArgument(...)
вызовы в загрузке вашего модуля.
Хотя вы и не задавали структурированный вопрос, поэтому я сомневаюсь, что кто-то еще сможет сделать более сильный удар при ответе, чем этот, что, вероятно, не сделает вас счастливыми ...