Когда вы генерировали свой проект Padrino, вы выбрали mongoid в качестве механизма сохранения?Подсказка: легко проверить, посмотрев файл .components в корневом каталоге вашего проекта.Если вы это сделали, вы сможете получить доступ к задачам рейка, используя padrino rake <namespace>:<task>.Смотрите здесь: http://www.padrinorb.com/guides/rake-tasks#orm.
Запуск грабли для создания индекса должен быть просто: padrino rake mongoid:create_indexes
Я бы проверил padrino rake -T, чтобы увидеть список доступных задач.