Если это файлы .WAV, и один из них был создан непосредственно из другого, то должен существовать раздел с байтовым идентичным байтом, и хороший инструмент сравнения найдет его для вас. Если они представляют собой mp3-файлы, созданные с использованием одного и того же компрессора из одного источника, вы можете распаковать их, и то же самое произойдет.
Что-нибудь еще, и это становится действительно сложно. Вы можете попытаться преобразовать оба в один и тот же необработанный формат WAV, а затем выполнить нечеткое сопоставление (например, сдвинуть одну часть друг против друга и найти место с наименьшим количеством RSS различий).
Или вы можете попробовать сделать это в частотной области, разбив файлы на небольшие куски, выполнив FFT для них и ища серию совпадающих основных частот.
Я не совсем уверен, что либо будет работать хорошо. Я бы сначала попробовал метод временной области.