Я не уверен, что понимаю ваш вопрос; В вашей ветке gh-pages уже есть все файлы из главной ветки. Если вы спрашиваете, как удалить все, кроме index.html:
git clone git@github.com:cauerego/jsoneditor.git
cd jsoneditor
git checkout gh-pages
git rm -rf jsoneditor/ jsunit/ test/
git rm LICENSE README try.html
git commit