Если для получения файла требуется (а эти цифры приведены в качестве примера) 20 секунд, а для его обработки - 5 секунд, то какой вред в вашем процессе ждет в среднем еще 7,5 секунд, прежде чем он обнаружит, что файл есть?
Спящий процесс должен иметь максимально близкое к нулю влияние на процессор, насколько это возможно.
Так что нет, я бы вообще не беспокоился об этом аспекте.
Единственное, о чем вы должны беспокоиться, это о том, как автоматически перезапустить процесс в случае его сбоя. Я бы запускал задание cron каждые 5 минут (по выбору фактической частоты), чтобы уничтожить старую копию (вежливо и только если она запущена), а затем запустить новую. Таким образом, время простоя будет не более 5 минут, если что-то пойдет не так.
Я говорю вежливо, потому что старый может быть в середине обработки файлов, и вы не должны прерывать это, если это не подлежит восстановлению.