В java нет ничего, что могло бы помочь с файлами .java, только файл .class.Даже в этом случае вы не уверены в успешной загрузке файла произвольного класса, так как вы, вероятно, пропустите зависимость.
Если бы мне пришлось это сделать, я бы запустил javadoc с -public, -package, -Защищено и -приватно для каждого найденного файла .java.Это дает мне HTML-файл с обычным форматом, который может быть легко проанализирован.Если бы я был более амбициозным, я бы написал собственный документ Javadoc.Если бы я был безумно амбициозен, я бы использовал antlr, yacc, javacc или другой генератор синтаксического анализатора с грамматикой Java для непосредственного анализа файлов Java.