Пожалуйста, проверьте команду R

Question

Я делаю следующее в библиотеке Cooccur в R.

> fb<-read.table("Fb6_peaks.bed")
> f1<-read.table("F16_peaks.bed")

с первыми двумя командами все в порядке, и я также могу отображать данные:

> fb
> f1

Но когда я даю следующую команду, как указано ниже

> explore_pairs(c("fb", "f1"))

, я получаю сообщение об ошибке:

Error in sum(sapply(tf1_s, score_sample, tf2_hits = tf2_s, hit_list = hit_l)) : 
  invalid 'type' (list) of argument

Может кто-нибудь предложить что-нибудь?

Answer 1

Несмотря на обещание выпустить версию для хранилища Bioconductor в статье, которую авторы опубликовали более года назад , они до сих пор не доставлены. Файл gz, прилагаемый к статье, не имеет формы, которую распознает моя установка. Вы действительно должны переписываться с авторами по этому вопросу.

Характер сообщения об ошибке предполагает, что функция ожидает другой класс данных. Вы должны смотреть на спецификацию для аргументов в файле help(explore_pairs). Если он ожидает 2 матрицы, то обтекание data.matrix вокруг аргументов может решить проблему, но если оно ожидает класс, созданный одной из этих функций пакетов, то вам нужно предпринять необходимый шаг для создания правильных объектов. *

Файл справки для explore_pairs существует (по крайней мере, в каталоге MAN) и говорит, что первый аргумент должен быть символьным вектором с дополнительными условиями:

\arguments{
      \item{factornames}{an vector of character strings, each naming a GFF-like
      data frame containing the binding profile of a DNA-binding factor.

Существует также утилита загрузки load_GFF, которая, как я полагаю, предназначена для создания таких файлов.

Answer 2

Попробуйте переименовать ваш фрейм данных: names (fb) = c ("seq", "start", "end")

Проверьте примеры наборов данных.Имена столбцов такие же, как указано выше.Я установил имена, и это сработало.