Когда у вас есть два байтовых массива (см. Мой комментарий), вы можете объединить их в третий массив, например так:
byte[] arr_combined = new byte[arr_1.length + arr_2.length];
System.arraycopy(arr_1, 0, arr_combined, 0, arr_1.length);
System.arraycopy(arr_2, 0, arr_combined, arr_1.length, arr_2.length);
Все еще не полный ответ, извините, так как этот массив - просто пример данных - вам все равно нужно выписать заголовок, а затем данные. Я не видел никакого способа сделать это с API AudioSystem.
Редактировать: Попробуйте это:
Присоединиться к двум файлам WAV с Java?