Итак, у меня есть цепочки букв ДНК (A, G, T, C) в связанном списке, и я должен читать из файла, который выглядит следующим образом:
I[tab] ATT\n
I[tab] ATC\n (etc)
L CTA
L CTG
V GTA
V GTG
F TTT
F TTC
..
где отдельные буквыэто то, что вы получаете от комбинации 3 a, t, g, c.Я понял, как начать, где мне нужно начать (в AGT), но не могу сформулировать, как читать строку и сравнивать с файлом, чтобы увидеть, что соответствует.Это то, что я до сих пор:
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<string.h>
typedef struct node{
char seq[300];
struct node* next;
} NODE;
int
main(int argc, char* argv[]){
int i, j=0;
FILE *fin, *fout, *fop;
char code1[300], code2[300], prot;
NODE *current, *first, *prev;
fin = fopen( argv[1], "r");
fout = fopen( argv[2], "w");
fop = fopen("codeoflife.txt", "r");
current = first = malloc (sizeof (NODE));
while( fscanf( fin, "%s", current -> seq) != EOF) {
for (i = 0; i < 300; i++){
if (current->seq[i] == 'a')
current->seq[i] = 'A';
else if (current->seq[i] == 't')
current->seq[i] = 'T';
else if(current->seq[i] == 'g')
current->seq[i] = 'G';
else if(current->seq[i] == 'c')
current->seq[i] = 'C';
}
if ( (current -> next = malloc ( sizeof(NODE) ) ) == NULL){
fprintf(fout, "Out of memory\nCan't add more DNA sequences\n");
return EXIT_FAILURE;
}
prev = current;
current = current -> next;
}
free(current)
prev->next = NULL;
current = first;
while(current->next != NULL){
for( i = 0; i < 300; i++){
if( current->seq[i] == 'A')
if( current->seq[i+1] == 'G')
if( current->seq[i+2] =='T'){
code1[j] = 'M';
while(fscanf(fop, "%c", &prot)) != EOF){
break;
}
if (i == 299)
strcpy ( current->seq, "None");
current = current->next;
}
return 0;
}