Точка Андрея действительна. Я могу добавить общее утверждение:
Для расстояния Махаланобиса вы должны быть в состоянии правильно оценить ковариационную матрицу для каждого кластера. При 200 измерениях вы можете рассчитывать только на разумную оценку кластера ковариационных матриц - от нескольких сотен до тысяч точек данных. Добавьте к этому 12 кластеров, и вам легко понадобятся десятки тысяч точек данных, чтобы разумно использовать расстояние Махаланобиса.
Кроме того: попробуйте, как работает евклидово расстояние. Если результаты разумны, просто придерживайтесь этого, в противном случае попробуйте Mahalanobis.
Наконец, вы можете найти более знающих людей по этому предмету в stats stackexchange .