Физическое расположение ваших файлов и URL-адреса для доступа к ресурсам логически различны.Вы можете разместить свое приложение в любом месте и использовать директивы конфигурации своих веб-серверов для обслуживания их с любого URL.
PHP, как правило, является файловой системой.Каждый URL выполняет файл .php (обычно), поэтому различие выше немного размыто.
Wordpress обслуживается из корневого каталога (точка установки), и все вещи извлекаются оттуда, поэтому подкаталоги не являются проблемой.