Сообщение добавляется в сеанс в comment_form_submit()
, ПОСЛЕ нового комментария сохраняется.
Таким образом, либо вы изменяете форму комментария, добавляете свою собственную функцию отправки после основной, и удаляете там сообщение (что кажется лучшей идеей, поскольку таким образом это будет сделано только тогда, когда новаякомментарий действительно опубликован), или ...
На самом деле, нет 'или'.Первоначально хотел предложить что-то вроде hook_init()
в качестве альтернативы, но нет, вы не хотите помещать это туда.;)