Я только что столкнулся с той же проблемой и нашел ответы, и официальная справочная сеть, возможно, должна быть более точной для корпоративной версии Github.
Если вы используете корпоративный Github, вы должны:
1) Зарегистрируйте приложение в настройках предприятия, а не под пользователем.
2) Предположим, что ваш сайт JIRA имеет значение http://myjira.com/jira, с которого вы можете обращаться к главной странице JIRA, тогда URL-адрес Homapage и URL-адрес обратного вызова авторизации должны совпадать с URL-адресом вашего сайта JIRA.
3) При добавлении новой учетной записи в JIRA поле Host должно быть GitHub Enterprise, а учетная запись группы или пользователя должна быть именем предприятия, которое можно найти в профиле организации в Github.
4) URL хоста должен быть главной страницей Github.
Тогда я думаю, что это должно работать для предприятия при подключении JIRA и github.