Вы, вероятно, могли бы определить константу в вашем cron-скрипте и обработать код аутентификации на основе этого.
Например:
cron.php
<?php
define("ISCRONJOB", true);
... continue other flow
?>
в вашем контроллере авторизации
<?php
# make sure you pass single-quote when checking for a defined constant
if (!defined('ISCRONJOB')) {
...
... continue authentication process
}
?>