Компилятор использует папку bin как своего рода промежуточную область, чтобы подготовить ваши файлы для окончательной упаковки в ваш APK. Это включает в себя компиляцию вашего Java-кода в файлы классов, а также помещение ваших ресурсов (включая изображения) в определенную структуру для архивации в APK. Требуется отдельная копия, поскольку Android SDK выполняет некоторую предварительную обработку этих изображений перед упаковкой.
После того, как ваш APK создан, можно безопасно удалить эти изображения. Фактически, если вы перейдете в Project -> Clean в Eclipse, он очистит эту папку для вас. Обычно в этом нет необходимости, и в любом случае эти файлы будут восстановлены при следующей сборке.
Если вы создаете резервную копию своего проекта или используете систему контроля версий, вам не нужно включать папку bin (и, вероятно, не следует в случае управления исходными кодами).