Если вы хотите использовать совершенно разные темы для каждого подкаталога, лучше всего использовать функцию сети (или мультисайты).Вы можете создать основную тему, а затем запустить дочерние темы для каждого сайта субдомена.
Если различия субдоменов незначительны, вы должны делать их как отдельные файлы тем CSS, которые загружаются на основе текущего субдомена.