Поддержка контроля версий в MonoDevelop отстает, и в версии 2.6 будет добавлена только базовая поддержка Git. Я бы предложил сохранить Hg установленным и использовать командную строку. Вы не должны отказываться от использования отличного DVCS только потому, что ваша IDE не интегрируется с ним.
Поскольку Hg основан на Python, вы можете использовать easy_install, чтобы удалить его для вас.
easy_install -m mercurial
См. easy_install документацию для получения дополнительной информации