Общий подход
Как уже упоминали другие, вы не должны хранить файлы IDE в VCS, вы должны хранить независимое от IDE описание проекта в VCS и генерировать из них файлы проекта, специфичные для IDE.
Пример Java-Maven
Сохраните файл (ы) pom.xml в VCS и сгенерируйте файлы Eclipse, запустив mvn eclipse:eclipse
GrailsПример
Проект Grails описывается application.properties
и grails-app/conf/BuildConfig.groovy
.Эти файлы присутствуют в каждом приложении Grails.Из них можно сгенерировать описания проектов Eclipse, выполнив:
grails integrate-with --eclipse
Эта команда также поддерживает другие инструменты, такие как IntelliJ и Textmate