Не могли бы вы просто указать аргумент пути к классу при выполнении класса внутри JAR? Например:
java -cp lib / somejar.jar org.foo.bar.MyClass
Где -cp - аргумент classpath, а lib / somejar.jar - путь к банку, которую вы пытаетесь выполнить.
Я не уверен, что понимаю, что вы ищете.